Al otro lado de la galaxia quedan atrapados en la nave Destiny que es, a la vez, su única forma de supervivencia y una trampa que les impide volver a la Tierra.

Destiny es una embarcación estelar que fue lanzada por Los Antiguos en la época dorada de su civilización como un experimento puesto en marcha pero nunca finalizado. Aunque los sistemas de navegación de la nave se encuentran seriamente dañados, ésta fue programada para viajar por el universo deteniéndose cada cierto tiempo en determinados planetas donde sus tripulantes pueden encontrar los recursos necesarios para la vida.

Ahora, los protagonistas de Stargate Universe tendrán que sobrevivir a bordo. La tripulación viajará a los confines del universo, encontrará nuevas razas, enemigos y aventuras, descubrirá nuevos retos en cada una de las paradas y vivirá con la angustia que les provoca saber que, si alguien se queda atrás, no podrá regresar nunca al Destiny.